玩家无法直接删除自己建立的城市，这是游戏设计上的限制。原版游戏机制下，玩家创建的城市无法被自己摧毁，只有通过间接方式才能实现城市删除的目的。这一设定与文明5不同，需要玩家适应新的游戏规则。
删除城市的主要方法是先将目标城市交易给其他文明或城邦，然后通过战争手段重新占领该城市。占领后可以选择夷为平地选项来彻底摧毁该城市。需首都城市无法被摧毁，即使通过上述方法也无法删除。交易城市时需选择距离较远的AI文明，这样对方更可能主动焚毁该城市。
对于不想进行外交和战争操作的玩家，可以考虑使用MOD来实现城市删除功能。Steam创意工坊中有多个相关MOD，如Raze Capital和AdvancedCheatMenu(Light)，这些MOD提供了直接摧毁城市的按钮。安装后无需开新档即可使用，但部分MOD界面为英文，操作时需要仔细辨认功能选项。
游戏中的区域建筑一旦建造完成就无法拆除，这个规则同样适用于城市。因此规划城市位置时需要谨慎考虑，特别是战略要地和资源密集区域。若城市建在硝石等战略资源上，将无法通过常规手段改变位置，这也是许多玩家寻求删除城市方法的主要原因。
删除城市会带来人口和资源的永久损失，影响文明发展进度。建议仅在极端情况下使用这种操作，比如城市位置严重阻碍整体战略布局。游戏后期获得新科技后，原先不利的位置可能转变为优势，因此删除城市前应充分评估长期影响。
MOD方法虽然便捷但可能影响游戏平衡性，使用前建议备份存档。部分MOD可能存在兼容性问题，与其他UI修改类MOD同时使用时需要调整加载顺序。游戏更新后MOD可能需要等待作者适配，这是使用第三方解决方案时需要考虑的因素。
