纪念碑谷水迷宫的核心玩法是通过操控场景中带圆点的粉色旋转机关，利用视觉错觉拼接错位的建筑路径，引导艾达踩下黄色机关触发场景变化，逐步突破空间迷宫抵达终点。进入关卡后，艾达初始位于水迷宫下方的平台，周围是悬浮于水面的几何建筑，看似断裂的道路与隐藏的楼梯是解谜关键，所有推进都围绕旋转机关调整空间结构展开，需反复尝试机关转动方向，观察建筑拼接后的视觉连接效果，才能找到正确的行进路线。
开局先找到左侧带圆孔的粉色旋转构件，拖动旋转该机关，让隐藏的楼梯从建筑结构中伸出，与艾达所在的初始平台连通。艾达走上楼梯后，操控场景中央的大型旋转平台，将其转动至与上方的横向建筑对齐，形成完整通道，引导艾达走到通道尽头，踩下第一个黄色机关。踩下机关后，场景一侧的石柱会水平倒下，成为新的路径，此时再次旋转中央平台，调整角度让平台与倒下的石柱衔接，艾达便可沿石柱走到建筑顶端，进入传送门，开启水迷宫的下一段场景。
进入新场景后，艾达会站在可旋转的建筑模块上，先让其踩下附近的黄色机关，脚下的模块会瞬间旋转，艾达会以倒立或贴墙的状态出现在建筑侧面，利用视觉错觉突破常规空间限制。接着拖动左侧带圆点的滑动机关，拉出隐藏的楼梯，让艾达沿楼梯走到下一个黄色机关处，踩下后迷宫底部会显现出可旋转整个水宫的大型转盘。拖动转盘旋转整个水宫建筑，调整至瀑布出现的一侧，让建筑上的路径重新拼接，艾达就能沿新连通的楼梯走到中层平台，继续触发机关推进。
抵达上层区域后，会遇到带有乌鸦的粉色旋转平台，先转动平台调整角度，让艾达避开乌鸦，走到平台边缘的传送门前。进入传送门后会来到一个环形空间，与蓝色小人完成对话后，再次返回之前的水宫场景。此时需重新旋转底部的大型转盘，将水宫调整至初始场景的对称角度，让顶端的最终路径与终点平台连通。艾达沿拼接好的路径走到顶层，踩下最后一个黄色机关，水迷宫的核心建筑会升起，形成通往终点的完整道路，顺利完成关卡。
