秘卷系统是提升战斗力的重要组成部分，玩家需要通过合理装备秘卷来增强忍者能力。秘卷的装备入口位于游戏主界面左下角的秘卷按钮，点击后进入秘卷管理界面，选择已激活的秘卷即可装备到忍者身上。每个忍者最多可装备一个秘卷，装备后可在战斗中使用秘卷技能。秘卷的获取主要通过小队突袭玩法，参与该玩法有概率随机获得秘卷碎片，集齐一定数量后可激活对应秘卷。
秘卷的强化与升级是提升其效果的关键。秘卷激活后，玩家可通过消耗同名秘卷碎片提升其等级，等级越高，秘卷的伤害加成、冷却时间和属性加成就越显著。秘卷碎片的主要来源是小队突袭玩法，每天前三次参与该玩法时可使用金币翻倍奖励，大幅提高秘卷碎片获取效率。部分限时活动和任务也会提供秘卷碎片作为奖励，玩家需密切关注游戏内活动公告。
秘卷的选择需根据忍者特性与战斗需求进行搭配。风遁·风杀阵适合控场型忍者，其吸附效果可限制敌人走位；而秘卷·查克拉则适合依赖奥义输出的忍者，可快速补充奥义点。玩家需根据自身战斗风格和忍者特点，选择最适配的秘卷。秘卷的搭配没有固定模式，需通过实战不断调整优化。
秘卷分为普通秘卷和疾风传秘卷两类，两者获取渠道不同。普通秘卷可通过小队突袭直接产出，而疾风传秘卷仅能通过活动中的随机秘卷碎片获取。玩家在参与活动时需注意秘卷碎片类型，避免混淆。部分忍者拥有专属秘卷，装备特定秘卷时可触发特殊效果，这类秘卷通常需通过限定活动获取。
