曼哈顿计划是解锁核武器研发能力的关键科技项目，玩家需要通过特定科技研究和城市生产流程才能启动。首先需在科技树中依次研究原子理论和核裂变两项前置科技，这是开启该计划的硬性条件。研究完成后，需选择一座高产能城市执行曼哈顿计划项目，其完成速度取决于城市生产力，可通过调整产能分配或使用政策卡加速。
完成曼哈顿计划后，玩家将获得生产核武器的资格，包括原子弹和氢弹两种类型。核武器需通过特定军事单位部署，如轰炸机、核潜艇或导弹发射井，每种载具的射程与打击范围存在差异。核武器建造消耗大量战略资源铀，且维护费用高昂，需提前储备资源并规划经济。
核武器的使用会带来显著战略优势，能瞬间摧毁敌方城市或军队，但伴随严重外交惩罚。所有文明会对核攻击行为产生强烈负面态度，可能触发联合制裁或战争。核爆区域将长期残留辐射污染，使地块无法产出资源或修复建筑，需派遣建造者单位清理污染，消耗劳动力且耗时较长。
从策略层面考量，曼哈顿计划标志着游戏进入高阶对抗阶段。建议在确保军事优势或防御需求时再启动该项目，避免因过早研发引发外交危机。同时需平衡核威慑与常规军力发展，防止过度依赖核武器导致经济崩溃。若选择和平路线，可通过核不扩散条约限制其他文明研发，但需保持足够反制力量。
曼哈顿计划是改变游戏格局的双刃剑，需结合文明特性、胜利条件和当前局势综合决策。其研发流程虽明确，但实际运用涉及复杂的地缘政治计算，玩家应审慎评估每次核打击的长期影响，避免陷入战略被动。
