三国群英传2的核心流程围绕内政经营—大地图调度—战斗对抗的循环展开，玩家需通过策略管理城池、调遣武将、发展军力，最终实现统一天下的目标。游戏以即时制推进时间，每年1月强制进入内政阶段，可执行搜索人才、开发城池、装备分配等操作。内政结束后切换至大地图模式，玩家需在一年内完成部队集结、行军布防或主动进攻，当两军相遇或攻入敌城时触发战斗。这一循环贯穿游戏全程，要求玩家兼顾资源积累与军事扩张的平衡。
战斗系统是流程中的关键环节，兵种相克与武将技搭配直接影响胜负。游戏包含朴刀、长枪、弓箭等13类兵种，遵循长克短、短克远、远克长的基础相克规则，例如弓箭兵克制长枪兵但被朴刀兵压制。武将技分为清兵、杀将、伏兵等类型，需根据战场形势选择释放时机，如八门金锁可冻结敌兵行动，鬼哭神号则能造成大范围杀伤。战斗中若连续撤退三次，君主会被俘导致游戏结束，因此需谨慎评估战局。
武将通过出战获得经验升级，每级提升体力与技力值上限，并自动习得新技能。高智力武将更擅长军师技如恢复技力，高武力武将则偏向杀伤型技能。俘虏敌方武将后可通过劝降或释放再捕获的方式招揽，忠诚度低的武将易叛逃。部分强力武将需通过特定条件触发，如占领特定城池或完成隐藏任务。
玩家可利用穿城技巧绕过重兵防守的城池：交战中选择撤退，返回大地图瞬间点击部队变更目的地，可短暂无敌穿越敌方防线。分兵诱敌、集中优势兵力逐个击破是常见战术。内政自治功能允许委任城池自动执行搜索或开发，适合多线操作。游戏后期需注意防范电脑势力的联合反扑，维持前线城池防御度与预备兵数量。
