迷失岛外星飞船那一关的关键在于破解红格子密码箱和获取投影仪线索。进入飞船内部后，首先需要找到位于厨房角落的红色密码箱，箱子上有白色符号标记。密码线索分散在场景中的漂流瓶内，其中一个瓶子藏有记录时间的纸条，但这不是最终密码，需结合投影仪使用。找到纸条后返回飞船内部，将日期与密码箱信息对应后，投影仪会播放一段影像，声音提示中包含飞船密码。
破解密码箱后，需要操作飞船控制台的吐球小游戏。先点击第二列第一个吐球装置，再利用左下角的推球装置逐步将球推到指定位置。中间两个吐球装置需互相配合，最终目标是填满所有格子。这一步骤需要耐心调整球的路径，避免卡在死角。完成小游戏后，飞船引擎启动，进入下一阶段。
飞船内部还隐藏着关于外星文明的符号线索。部分符号与神庙墙壁图案或船员日记中的记录相关，需交叉比对。某些符号代表时间或方向坐标，需转化为数字输入控制台。若遇到无法解读的符号，可返回灯塔或废弃火箭寻找对应提示，这些场景通常留有与飞船相关的辅助线索。
最终阶段需将月亮符石、星星符石等关键道具放入飞船指定位置。符石通常通过解谜获得，如月亮符石在船长船的地下室，星星符石在废弃火箭旁的挖掘点。放置符石后会触发飞船能源核心激活动画，需快速输入之前破译的密码序列。密码输入顺序影响结局分支，正确操作可解锁隐藏成就。
