共有三个主要隐藏关卡：溶洞、沼泽和墓穴，每个关卡对应不同的普通关卡且具有独特的进入方式和挑战机制。溶洞关卡与冰雪关卡相关联，玩家在击败冰雪关BOSS后有机会遇到被堵住的路，解救矿工并跟随其进入矿洞即可解锁。沼泽关卡对应森林关卡，需要向奉献池投入武器触发哥布林祭师变异，击败后通过紫色传送门进入。墓穴关卡则与遗迹关卡绑定，需在击败BOSS后解开石碑谜题才能开启。
隐藏关卡BOSS战具有独特机制和奖励。溶洞冰虫会释放冰刺和分裂弹幕，无伤击败后可获得冰盾增益。沼泽的无垠黑暗之主拥有多阶段攻击模式，成功挑战后解锁毒盾效果。墓穴的守墓甲虫王具备护盾和震荡波技能，完美通关可获得复活buff。若玩家在隐藏关卡中死亡复活，则会获得对应减益效果，例如宝箱内容物减少或毒盾失效。
隐藏关卡成就系统包含多项挑战目标。凌波微步要求玩家在墓穴关卡全程不掉入深坑；笃信需要向森林关卡的献祭池累计投入10把红武；大力出奇迹则需通关全部三个隐藏关卡。这些成就奖励包括特殊背景音乐磁带和混剪专辑，但不会提供数值加成。部分成就如谜中谜需在成就系统更新后重新通关才能触发。
探索隐藏关卡需注意角色与武器搭配。墓穴关卡推荐携带控制类武器防止敌人近身，沼泽关适合使用持续伤害武器应对高血量敌人，溶洞关则优先选择精准型武器避免触发冰刺。部分角色技能在特定隐藏关卡效果显著，例如矿工可跳过溶洞障碍，精灵的藤蔓能抵御墓穴弹幕。武器选择应考虑环境特性，冰冻效果在溶洞关收益较低，而毒属性在沼泽关则能发挥额外作用。
