科祖梅尔章节的核心目标是探索古代遗迹并获取查克切尔的钥匙。流程始于墨西哥科祖梅尔的海岸，劳拉需要从岩壁上攀爬下降，进入一个被堵塞的遗迹入口。使用弓箭射击绑有白色绳索的封板可以拉开障碍物，进入内部隧道。在初始的洞穴走廊中，玩家需留意两种致命陷阱：由绊网（紧绷的绳索）和易坍塌的地板触发。用刀割断绊网或快速跳跃通过是安全的处理方式。探索时应注意观察壁画、文物和文件，这些收集品能提供经验值并提升语言熟练度。
进入遗迹深处后，会遇到需要潜水的房间。劳拉在水下的气量有限，必须留意沿途的换气点，根据提示长按互动键补充氧气。穿过水道爬上狭缝后，将进入右侧的洞穴，此处可能再次出现绊脚绳机关，需及时解除。随后通过攀爬岩壁，最终抵达名为月亮神庙的核心遗迹区域。在整个探索路径上，散布着如药物植物、资源箱、黄金矿物等可供收集的资源，部分区域还存在需要后期技能才能返回开启的宝箱或石门。
月亮神庙遗迹的通过需要一系列连贯的解谜与平台跳跃操作。首先需利用三个不同高度的升降吊钟跳跃至对面平台。到达后，需用绳索箭矢拉开一个门洞的封板，并将旁边的推车推下山坡，此操作会使右侧的一个吊钟升起，借此可以跳至对面走廊。在走廊尽头需用绳索箭矢搭建滑索移动至下一平台。接下来的谜题涉及另一个推车与转盘的联动：需先将推车推至转盘上，转动转盘调整推车方向，使其有绳索的一端朝向劳拉；割断推车原有绳索后，用绳索箭矢将推车与转盘连接；再次转动转盘将推车拉至高点，割断连接绳索让推车下落，从而触发最后一个吊钟升起。跳上这个抬高的吊钟并迅速攀爬附近的绳梯，便能抵达金字塔顶端，获取关键物品查克切尔的钥匙。
取得钥匙后，劳拉会到达一个敌人根据地。建议在此处采用潜行策略，利用植被墙或灌木丛隐蔽，使用近战暗杀或弓箭爆头逐个消灭敌人。如果触发警报，将会有直升机增援，投下装甲士兵，需优先解决这些高威胁目标。清理完所有敌人后，穿过一道需要用攀爬斧撬开的铁门，再通过一扇木门。随后剧情触发，劳拉被突如其来的洪水卷走，此时需快速操作方向键控制她在激流中左右移动，躲避障碍物，并尽可能保持在主流中央的安全位置，最终她会抓住一扇木窗脱险，完成本章节。
