地牢中的宝箱主要分为两大类，即黄金宝箱与环境宝箱，它们的开启条件和内含物品有显著区别。地牢在生成世界时便已存在，但玩家需在夜晚与入口处的老人对话，击败召唤出的骷髅王后才能安全进入。地牢结构复杂，遍布危险机关和强力怪物，探索时应备足照明与补给物品。
黄金宝箱是地牢中分布较多的宝箱类型，开启它们需要对应的黄金钥匙。黄金钥匙主要通过击败地牢中的怪物随机掉落，其中地牢史莱姆被击败时必定会掉落一把黄金钥匙。开启这些黄金宝箱，玩家可以获得一系列肉山前（即游戏前期）的独特武器和道具，其中妖刀村正和钴蓝护盾是价值很高的物品，它们可以作为合成材料进一步升级为更强大的装备。
环境宝箱是地牢中更为稀有和强大的宝箱，它们外观颜色鲜艳，分别对应游戏中的不同生态环境，例如淡蓝色的是神圣宝箱，紫色的是腐化宝箱。在游戏进入困难模式（即击败血肉墙后），这些宝箱才会变得可以互动，但开启它们需要专门合成的环境钥匙。这些宝箱每个世界通常仅有一个，里面存放着接近毕业强度的强力武器。
开启环境宝箱的钥匙无法直接获得，必须通过合成制作。合成一把环境钥匙需要集齐多种关键材料：首先要在肉山后的特定生态环境中刷怪，有极低概率获得对应的环境模具；其次需要击败世纪之花获得神庙钥匙；最后还需要击败机械三王，收集力量之魂、视野之魂和恐惧之魂各5个。在秘银砧或山铜砧处，便可使用这些材料合成出对应的钥匙。钥匙只需存放在背包中，找到对应颜色的环境宝箱点击即可开启。
