内功的选择直接影响角色的战斗力和成长路线。九阳神功、葵花神功、纯阳无极功、北冥神功等内功表现最为突出。其中九阳神功以高防御和攻击加成的特性成为综合实力最强的内功，尤其适合搭配降龙十八掌等刚猛武学。葵花神功则以极致的爆发伤害著称，但需注意其修炼条件较为特殊。
武当派的纯阳无极功是攻守兼备的代表，修炼至10级后可解锁太极套路的奥义，配合武当九阳功和纯阳无极功的叠加效果，能显著提升角色的生存能力。该内功需通过完成武当派特定剧情获得，包括挑战张三丰获取纯阳无极功秘籍，以及后续完成三星任务解锁太极神功。北冥神功则因其独特的吸功特性位列顶级内功，但受限于门派和路线选择，普及度较低。
古墓派虽以玉女心经和左右互搏天赋见长，但内功上限略逊于九阳神功；全真教凭借17级九阴真经在后期有较强表现，但前期成长较慢；大轮寺的龙象般若功侧重防御，适合特定流派。需注意内功强度与角色属性、武学搭配密切相关，例如高身法角色更适合铁血大旗功的加成体系。
高周目推荐优先选择九阳神功或葵花神功，前者提供稳定的攻防加成，后者适合追求极限输出的玩家。若走武当路线，纯阳无极功与太极套装的组合能应对绝大多数战斗场景。低周目玩家可考虑易筋经等易获取的内功过渡，后期再转修顶级内功。
