摧毁主城建筑并非游戏默认提供的直接功能，但通过特定操作和策略仍可实现目标，常规情况下，玩家无法主动拆除已建成的城区或建筑，但可通过占领或夷平城市间接清除建筑。当城市被敌方占领时，占领者有一次选择摧毁或保留的机会，若选择摧毁，该城市所有城区和建筑将被永久移除，仅保留奇观。这一机制适用于任何非原始首都的城市，原始首都被摧毁需借助特殊手段。
若需针对自己的城市进行操作，需通过交易将目标城市转让给其他文明，再对其宣战并重新占领。占领后选择夷平选项即可实现建筑清除。此方法存在较高风险，包括外交关系恶化、忠诚度压力及军事资源消耗。由建造者单位建造的改良设施（如农场、矿山）可直接用新建造者移除，但城市生产的区域建筑无法通过常规手段拆除。
天灾模式下的自然灾害可作为间接摧毁手段。火山喷发、洪水等灾害有概率损毁城区建筑，但具有随机性且可能连带破坏周边设施。总督梁的防洪堤虽能降低灾害损失，但会同步减少灾害带来的增益效果。该方式更适合作为辅助策略，而非精准清除目标建筑的主要方案。
从战略层面考量，摧毁建筑的行为需权衡收益与代价。非必要情况下不建议主动摧毁高价值建筑，尤其是学院、工业区等关键区域。若因城市规划调整需重置建筑布局，优先选择迁移人口、停止项目建造或利用新城区覆盖旧区域等替代方案，这些方式消耗资源更少且不会触发外交惩罚。
