秘卷技能需要通过收集秘卷碎片来激活和升级，每激活一个秘卷需要五片碎片，而特殊秘籍如强者秘籍则需通过特定活动获取。秘卷碎片的主要获取途径包括日常活动、限时玩法、任务奖励以及商城购买，其中限时活动往往能提供更稀有的秘卷碎片。部分特殊秘籍只能通过幻之试炼等特定玩法获得，且需要完成指定任务才能解锁。
强者秘籍作为特殊道具，能够强化特定角色的形态和属性，但仅限于鸣人、佐助、卡卡西和樱这四位角色使用。这类秘籍通常需要玩家在幻之试炼中完成挑战后获得，且以半本形式出现，需要集齐两本才能激活强化效果。游戏中的互助系统也允许玩家之间交换秘籍碎片，这为收集特定秘籍提供了更多可能性。建议玩家定期参与各类活动，尤其是周年庆等特殊时期的活动，往往能获得平时难以获取的秘籍奖励。
对于秘卷技能的选择和搭配，需要根据忍者特性进行合理配置。攻击型忍者适合搭配增加输出的秘卷，如风遁系秘卷；而防御型忍者则更适合携带提升生存能力的秘卷，如增加防御的忍体术·御。秘卷等级提升后，其属性加成和冷却时间都会得到优化，因此优先升级常用秘卷是明智之举。商城中的秘卷礼包虽然能用金币购买，但性价比不高，建议仅在急需特定秘卷时考虑。
游戏中的修行商店和各类副本也是获取秘籍的重要来源。修行值可以在修行商店兑换忍者碎片和秘卷碎片，而丰饶之间等副本则能提供大量经验值和铜币用于角色培养。小队突袭玩法建议开启三倍奖励，这是提升战力的核心途径之一。生存挑战模式则需要合理分配忍者出场顺序，携带风杀等秘卷可以有效提升通关效率。
